El PNPC trabajó bajo el liderazgo de Colciencias, con el copatrocinio de la Corporación Andina de Fomento y el Ministerio de Comercio, Industria y Turismo, en la primera etapa (2003–2004) y del Servicio Nacional de Aprendizaje (SENA), durante la segunda etapa (2005–2007).
Su misión (2005-2007) fue orientar las capacidades nacionales en Prospectiva y Vigilancia Tecnológica para el desarrollo de áreas estratégicas de la ciencia, la tecnología y innovación aplicadas a la economía del conocimiento[i], a través de la puesta en marcha de ejercicios concretos y exitosos al nivel sectorial, territorial y de las cadenas productivas, y de un Programa de Formación de Formadores, que fueran líderes en términos de calidad, pertinencia, innovación, participación social y productividad.
Para operacionalizar estos objetivos el PNPC manejó una Agenda de Actividades (ejercicios, formación, sensibilización, generación de conocimiento) y una plataforma tecnológica (bases de datos, banco de métodos, casos y herramientas, sitio Web) para soportar los proyectos de construcción de visión de futuro en los sectores estratégicos.